El Departamento de Humedales está orientado al estudio y manejo de los Humedales del Departamento del Beni, con especial interés en las especies que los habitan y sus interacciones,

estudiando su ecología, comportamiento, genética y dinámica de poblaciones, dispersión, y todos los aspectos relacionados con su conservación y restauración.

• Fomentar la conservación y el uso racional de los ecosistemas de humedales mediante la acción coordinada de la sociedad y el Gobierno.
• Diseñar y ejecutar programas y proyectos de investigación básica y aplicada de los humedales del departamento, y promover su conservación.
• Aportar al establecimiento de un sistema de clasificación de los Humedales del Beni así como un inventario de los mismos.

• Fortalecer el programa Ramsar en el departamento, considerando la gestión participativa de los humedales.
• Crear espacios para la participación activa de estudiantes y egresados en las labores de investigación.